Ils sont présents dans le sol à l'état naturel comme un résidu de la vie des végétaux, des animaux et des hommes. Les engrais en apportent sous la forme de produits de synthèse industriels.
           Les nitrates (NO3-) sont extrêmement solubles; ils pénètrent le sol et les eaux souterraines ou se déversent dans les cours d'eau par ruissellement. Ils constituent l'une des causes majeures de la dégradation des eaux à long terme. La norme française (50ml au maximum) a été fixée en fonction des risques courus par la population la plus vulnérable, les nourrissons et les femmes enceintes. Au delà de 100 mg/l, l'eau ne doit pas être bue ni utilisée dans la préparation des aliments. Les autorités sanitaires doivent assurer l'nformation des populations en cas de dépassement de la norme. Les pollutions par les nitrates font l'objet de programmes prioritaires.
           Les nitrates peuvent être dangereux par effet d'accumulation (certains produits alimentaires peuvent également apporter des doses significatives de nitrates : carottes, salades, saucisson).
           Transformés en nitrites par l'organisme, ils peuvent provoquer la transformation de l'hémoglobine en méthémoglobine et provoquer ainsi un mauvais transfert de l'oxygène vers les cellules. Cette pathologie concerne essentiellement les nourrissons de moins de 6 mois. Aucun effet cancérigène n'a été constaté sur l'homme.
           Endiguer le problème des nitrates implique un effort de la part de l'ensemble des parties concernées par la gestion de l'eau et de l'environnement. Les pouvoirs publics, par l'intermédiaire d'un décret adopté en mars 1996, ont élaboré une carte des zones "vulnérables", nécessitant la mise en place d'un programme d'action. Cette démarche s'attaque au phénomène à sa source, c'est à dire au niveau de la pollution des ressources en eau par les nitrates provenant de l'élevage à grande échelle.
           Les communes les plus exposées à ce risque doivent envisager la mise en oeuvre d'unité de traitement des nitrates, dans l'attente d'un règlement progressif du problème à son origine. Différents procédés de traitement physi- co-chimiques ou biologiques des nitrates ont reçu l'autorisation du Ministère de la santé et il existe en France un grand nombre d'installations de dénitratation ou de dénitrification.